Cristalografia de raios X e Ressonância Magnética Nuclear são técnicas recomendadas para caracterização de estruturas e complexos proteicos. Entretanto, uma parcela significativa das proteínas não são passíveis de serem analisadas por estas técnicas.

Existe um gargalo em metodologias que permitam análise de interação proteína-proteína em larga escala. O mapeamento da região de interação do epítopo, ou seja, a área da molécula do antígeno que se liga aos receptores celulares e aos anticorpos, é uma tarefa desafiadora e o desenvolvimento de medicamentos dependem deste mapeamento.

Metodologias que, quando aplicadas a misturas proteicas e posterior análise por espectrometria de massas, possibilitam a caracterização de complexos proteicos, mapeamento de epítopos, e de interação proteína-proteína em larga escala. As identificações das interações são realizadas utilizando software desenvolvido pela equipe.